Один из самых знаменитых процессов инквизиции в Испании был связан с делом Лукреции де Леон, родившейся в 1568 г. в Мадриде. Лукреция предсказала поражение испанской Непобедимой армады и смерть нескольких полководцев. Затем она объявила, что король Филипп II будет убит у стен Толедо. Когда ничего не случилось, инквизиция арестовала ее. Лукрецию подвергли наказанию плетьми и заставили два года работать в толедской больнице для бедных детей.

Хотя считается, что инквизиция в Испании довольно снисходительно относилась к колдовству — за время ее существования с 1478 до 1834 г. за это преступление были сожжены 25 человек, она жестоко расправлялась с вольнодумцами, евреями, сторонниками Реформации и интеллигенцией. Документы свидетельствуют, что в католической Испании 114350 граждан были привлечены к суду инквизиции за грехи, преступления и антиобщественное поведение.

Преследования начались на заре XIII в., когда римская католическая церковь учредила судебно-сыскной орган, призванный уничтожить ересь. В 1255 г. церковь разрешила применение пыток в борьбе со злом, для искоренения которого позднее была создана инквизиция.

В 1478г. папа Сикст IV согласился с просьбой короля Испании Фердинанда и королевы Изабеллы назначить церковных инквизиторов. Их главная роль заключалась в преследовании евреев, принявших христианство, и противостоянии еретикам. Установленные процессуальные нормы были очень строгими, однако они не могли исключить коррупцию. Для обвинения достаточно было доноса одного лица. Евреям, обращенным в католическую веру, часто ставилось в вину, что они ложно объявляли себя христианами, и в то же время одной из задач испанской инквизиции было уничтожение евреев, не желающих принимать христианство.

Первым Великим инквизитором был Томас де Торквемада, который убедил короля и королеву в 1483 г. учредить в Испании Святую палату инквизиции. Отправив на костер более 2000 человек и заставив тысячи евреев бежать из страны, он стал одной из самых мрачных фигур в истории Испании.